atokをインスコすると問題が起こるという戦$O

原因はatokが標準のSIPになっている事です。
smalltweakを事前に導入して一旦リセット。（これやらないとコンパネにsmalltweakが出てこない）
atok導入後リセットする前にstweakでatokを標準のSIPから外す。（正確にはもともと標準になっているOS標準のローマ字／かなを標準にする）
その後リセットで多分大丈夫じゃないかと。
なお、atok関連は設定を何かさわるごとに勝手に標準に置き換わります。注意しましょう。